Så – utseendet på just spikeproteinet är helt avgörande för hur viruset kan infektera! Dags att ta reda på mer om spikeproteinet i patientens virus.

Kom ihåg: spikeproteinet kodas av en del av SARS-CoV-2-virusets arvsmassa (ca 3800 kvävebaser av totalt ca 30 000).

Till höger ser du en aminosyrasekvens för det spikeprotein som vår patientens virus har (ca 1270 aminosyror långt protein).

Markera aminosyrasekvensen och kopiera den (Ctrl + C).

MFVFLVLLPLVSSQCVNLRTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFR
SSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIR
GWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESGVYSS
ANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGF
SALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLK
YNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLC
PFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTN
VYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYR
YRFFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRV
VVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRD
IADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHA
DQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSRRRA
RSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYI
CGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGF
NFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGL
TVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVL
YENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQNVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAIS
SVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSEC
VLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFP
REGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSF
KEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKY
EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPV
LKGVKLHYT

Finns någon mutation i spikeproteinet som kan påverka bindningen till receptorn?

Använd gisaid.org (inbäddat nedanför, men OBS! Öppna programmet i ett nytt fönster för att se hela sidan, du kan dock klara dig med den inbäddade). Gör så här:

  • Klicka i meny på Database features och välj CoV-surver mutations App.
  • Klistra in sekvensen (som du kopierat) i den vita rutan (Ctrl + V).
  • Scrolla ner, klicka på CoVserver.
  • Bilder på spikeproteinet snurrar: klicka på Spin OFF (grå knapp under bilderna), så stannar de!
  • Följ instruktioner under gisaid-fönstret!

Till vänster syns spikeproteinets inaktiva form, till höger är det bundet till en receptor (i grönt).

  • Rotera molekylerna: håll in vänster musknapp och dra muspekaren.
  • Zooma in/ut med scroll-hjulet på musen (eller använd två fingrar på musplatta och dra isär/ihop)

Färgade områden visar muterade aminosyror jämfört med det ursprungliga SARS-CoV-2-viruset (från Wuhan från 2019).
Orange = ”kan påverka bindning till receptor”. Bortse från övriga färger. Flera bollar i grupp = illustrerar att en aminosyra består av flera kolatomer.

  • Finns mutationer som kan påverka bindingen till receptorn?
  • Hur muterat är spike-proteinet? (scrolla nedåt i gisaid-fönstret där det finns text och en tabell med info om % likhet, antal aminosyror som skiljer från ursprungsviruset).

 

  • Spara beteckningar för alla mutationer! De är markerade i färg under rubriken ”List of variations…”. Kopiera hela raden med mutationerna och spara (du behöver beteckningarna för att klura ut vilken virus-variant patienten har i nästa steg!)

Formulera ett svar till läkaren: Vad kan du säga om spikeproteinet hos viruset som patienten har?

Skriv ner vad du kommit fram till i ett eget dokument och spara!

Dags att gå vidare till nästa fråga!