Kan smittan knytas till Italien?
Nu har du fått tillgång till virusets hela arvsmassa (närmare 30000 nukleotider lång). Virusets arvsmassa är byggt av RNA-nukleotider (en RNA-sekvens). Men i datat du får är den översatt till DNA-sekvens.
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Patientens hela virussekvens
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Sekvensen ska analyseras med verktyget nucleotide BLAST på NCBI´s webbplats (LÄNK som öppnas i ny flik: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).
Gör så här:
- Klicka på sidans ruta för ”Nucleotide BLAST” (se figur till höger)
- Klistra in (Ctrl + V) sekvensen i den vita rutan (Enter Query sequence)
- Under ”Choose Search Set” välj ”Betacoronavirus”
- Klicka på BLAST
- Vänta (kan ta flera minuter, ha tålamod!)
![nucleotideBLAST](https://bioresurs.uu.se/wp-content/uploads/2021/12/nucleotideBLAST-1.png)
RESULTATET: En tabell. Träffar är sorterade så att den som mest liknar din sekvens ligger överst (kolumnen ”Per. ident”, % likhet, har ett högt värde)
Ta den bästa träffen (som är mest genetiskt lik patientens virus) och undersök om den kan vara kopplad till ett Italienskt virusprov.
Gör så här:
- Klicka längst till höger på den träff som ligger högst upp – Accession number (ser ut så här typ: AC_34348l23)
- OBS! Träffen öppnas i en ny sida – men läs nästa punkt först så du vet vad du ska kolla efter:
- Scrolla ner på den sida som öppnas, till FEATURES och titta efter source så ser du var i världen (/country) denna sekvens samlats in – Italien?
Har viruset som mest liknar patientens virus kommit från Italien? Kan vi med säkerhet säga något om eventuell koppling till Italien? Skriv ner dina argument!
![source](https://bioresurs.uu.se/wp-content/uploads/2021/12/source.png)